Ο Πανιώνιος ιδρύθηκε στη Σμύρνη το 1890. Το ποδοσφαιρικό τμήμα ιδρύθηκε το 1895.Σμύρνη (1895-1922)
Σε εφημερίδες της Σμύρνης αναφέρονται ποδοσφαιρικοί αγώνες στα 1890-93 από τον Απόλλωνα και το Γυμνάσιον Σμύρνης. Το άθλημα είχαν φέρει στη Σμύρνη Άγγλοι κάτοικοι της πόλης, που κατοικούσαν κυρίως στη συνοικία «Μπουρνόβα». Εκεί είχαν φτιάξει γήπεδο, στο οποίο διεξάγονταν οι Πανιώνιοι Αγώνες ως το 1904 και ήταν έδρα του ποδοσφαιρικού συλλόγου Bournobat J.A.A. Από τους ποδοσφαιριστές του Μπουρνόβα ξεχώριζαν οι: Αγγελόπουλος, Αναγνωστόπουλος, Αργυρίου, Γριμάνης, Καλομοίρης, Καραράς, Κεντρωτής, Κόγκος, Κούτελης, Μεγαρίδης, Παστουρμαντζής και Περώνης. Το 1908 διασπάστηκε σε δύο σωματεία τον Ερμή και το Θησέα.
Η πρώτη οργανωμένη ομάδα του «Γυμνασίου» -του μετέπειτα Πανιώνιου- συγκροτείται το 1895. Παίκτες του Πανιωνίου συμμετείχαν στην ομάδα της Σμύρνης που έλαβε μέρος στη μεσολυμπιάδα του 1906 και κατέλαβε τη 2η θέση. Πάντως, τον κορμό της ομάδας αυτής αποτελούσαν ποδοσφαιριστές του Μπουρνόβα.
Το επόμενο διάστημα η ποδοσφαιρική ομάδα του Πανιωνίου πήρε τα σκήπτρα στην πόλη. Από σωζόμενο πρόγραμμα γνωρίζουμε ότι στις 2 Μαρτίου 1908 η Μικτή Σμύρνης αποτελούμενη αποκλειστικά από ποδοσφαιριστές του Πανιωνίου νίκησε με 3-1 (1-1 ημίχρονο) τη Μικτή Αθηνών-Πειραιώς (Γουδί, Εθνικός ΓΣ, Πανελλήνιος και Πειραϊκός) σε αγώνα που διεξήχθη στο Νέο Φάληρο υπό την αιγίδα της Επιτροπής Ολυμπιακών Αγώνων και παρουσία του διαδόχου Κωνσταντίνου και των πριγκίπων της ελληνικής βασιλικής οικογένειας. Ο Πανιώνιος αγωνίστηκε με "κατερύθρους μπλούζας και λευκά παντελόνια" (εφ. "Εμπρός", 3/3/1908) και είχε την ακόλουθη σύνθεση σύμφωνα με την ορολογία της εποχής:
Τερματοφύλακας: Κ. Μαλκότσης.
Οπισθοφύλακες: Α. Μωραϊτίνης, Κ. Λάσκαρις (αρχηγός).
Μέσοι: Ν. Νικολαΐδης, Χ. Βεντιρόζος, Ι. Χριστιανούδης.
Εμπροσθόφυλακες: Δ. Λάσκαρις, Κ. Βύζιος, Γ. Νικολαΐδης, Ν. Απέργης, Θεμ. Κωνσταντινίδης.
Στα τέλη του 1909 ο Πανιώνιος έδωσε τρεις αγώνες στην Αθήνα, αμέσως μετά τη λήξη του 2ου πρωταθλήματος ποδοσφαίρου που είχε διοργανώσει ο ΣΕΓΑΣ. Ο Πανιώνιος νίκησε με 5-3 τον πρόσφατο τότε πρωταθλητή Ελλάδος «Πανελλήνιο Ποδοσφαιρικό Όμιλο» -τον μετέπειτα Παναθηναϊκό-, ήρθε ισόπαλος 1-1 με τη Μικτή Πειραιά και ηττήθηκε με 2-3 από τη Μικτή Αθηνών. Μια φωτογραφία του 1909 με κύπελλο ίσως προέρχεται από αυτό το τουρνουά.
Είναι γνωστό πως ο Πανιώνιος και οι άλλες ομάδες της Σμύρνης (Απόλλων, Αρμενική, Μπουρνόβας, Πέλοψ Μελαντίας, Μακάμπι, Αλτάι (τουρκική), Ευαγγελική Σχολή, Σχολή Μπάρξερ) διοργάνωναν τουρνουά και κάποιο υποτυπώδες πρωτάθλημα. Σώζονται φωτογραφίες από αγώνες του Πανιωνίου στο στάδιό του. Αναφέρεται, ότι το 1910 το Κύπελλο Πανιωνίου κατέκτησε η Σχολή Μπάρξερ. Το 1911 ο Πανιώνιος έχασε το πρωτάθλημα από την Ευαγγελική Σχολή Σμύρνης και το 1922 από τον Απόλλωνα. Όμως, κατέκτησε την πρώτη θέση το 1913-1914, όπως φαίνεται σε μια φωτογραφία με κύπελλο, στην οποία διακρίνονται οι παίκτες: Χ. Βεντιρόζος, Μαγγανιώτης, Θ. Δημητρίου, Αντ. Πατιάδης και Σ. Δεσποτόπουλος. Την ισχύ της ομάδας αυτής αποδεικνύει και το γεγονός ότι το 1914 στην ενδεκάδα της Μικτής Σμύρνης συμμετείχαν οκτώ παίκτες του Πανιωνίου. Προπονητής της ομάδας, από το 1909 τουλάχιστον, ήταν ο γυμναστής Σοφ. Μάγνης.
Το 1920 στην Εθνική ομάδα, που συγκροτήθηκε για να συμμετάσχει στην Ολυμπιάδα της Αμβέρσας, συμμετείχαν τρεις παίκτες του Πανιωνίου οι: Αντώνης Φωτιάδης (τερματοφύλακας), Αγαμέμνων Γκίλης (δεξί μπακ) και Θεόδωρος Δημητρίου ή Μπίμπος (αριστερό εξτρέμ), ενώ ο Σωτήριος Δεσποτόπουλος ήταν αναπληρωματικός. Αντιμετώπισαν τη Σουηδία στις 28 Οκτωβρίου 1920 και αυτό αναφέρεται από τη ΦΙΦΑ ως το πρώτο επίσημο ματς της εθνικής Ελλάδος, πριν από τη δημιουργία της ΕΠΟ. Άμαθοι σε γήπεδο με χόρτο οι παίκτες ταλαιπωρήθηκαν και σύντομα έμειναν με 10 παίκτες λόγω τραυματισμού του Καλούδη. Τελικά, ηττήθηκαν με 9-0 (6-0). Μερικές ημέρες αργότερα, στο Άμστερνταμ, η ίδια Εθνική ομάδα έδωσε φιλικό αγώνα με την Ολλανδία, στον οποίο ηττήθηκε 4-2. Δεν αναφέρονται οι συνθέσεις αλλά σίγουρα μετείχαν κάποιοι από τους προαναφερθέντες ποδοσφαιριστές του Πανιωνίου.
Το 1921 σε αγώνα στη Σμύρνη ο Πανιώνιος ηττάται με 2-4 από τη Μικτή Αθηνών-Πειραιώς. Το 1922 αδυνατεί να πάρει μέρος στο πασχαλινό τουρνουά της Ποδοσφαιρικής Ένωσης Αθηνών-Πειραιώς, διότι πολλοί ποδοσφαιριστές του ήταν στρατευμένοι.Αθήνα (1922-40)
Παρά την καταστροφή και τον ξεριζωμό από τη Σμύρνη, ο Πανιώνιος ανασυγκρότησε σχετικά γρήγορα και με επιτυχία την ποδοσφαιρική ομάδα του. Ήδη στο πρώτο Δ.Σ. της προσφυγιάς, που συγκροτήθηκε στις 20 Νοεμβρίου 1922, ορίστηκαν ως έφοροι ποδοσφαίρου οι Δ. Αγγελομάτης και Σ. Γροσομανίδης. Τα αμέσως επόμενα χρόνια ο σύλλογος κατέλαβε τη δεύτερη θέση στο Β΄ και την 3η στο Γ΄ Πρωτάθλημα Αθηνών-Πειραιώς της Ένωσης Ποδοσφαιρικών Σωματείων Αθηνών-Πειραιώς.
Στο Β΄ πρωτάθλημα ΕΠΣΑΠ (1923) έφερε τα εξής αποτελέσματα: με Κονκόρντια 9-1, με Ο.Φ. Πειραιά 2-1, με Πειραϊκή Ένωση 2-1 (1ος στον όμιλο με 6β., 13-3 τερμ.) και στην τελική φάση: με Πειραϊκό Σύνδεσμο 3-4, με Πειραϊκή Ένωση 0-0, με Παναθηναϊκό 2-0, με Απόλλωνα 1-0 (2ος με 5 β., 6-4 τερμ. πίσω από τον Πειραϊκό Σύνδεσμο).
Στο Γ΄ πρωτάθλημα ΕΠΣΑΠ (1924) έφερε τα εξής αποτελέσματα: με Αθηναϊκό 7-1, 1-0, με Ο.Φ. Πειραιώς 0-1, 1-0, με Απόλλωνα 1-0, με Α.Π.Σ. Πειραιά 0-1, με Γουδί 4-2 (3ος με 10 β., 14-5 τερμ., πίσω από τον Α.Π.Σ. Πειραιά και τον Ο.Φ. Πειραιά που είχαν από 11 βαθμούς)
Το 1924, όταν ιδρύθηκε η Ένωση Ποδοσφαιρικών Σωματείων Αθηνών (ΕΠΣΑ), ο Πανιώνιος ήταν ιδρυτικό μέλος, ενώ το Νοέμβριο του 1926 ο σύλλογος ήταν ιδρυτικό μέλος της Ελληνικής Ποδοσφαιρικής Ομοσπονδίας (ΕΠΟ). Επίσης, τη σεζόν 1927-28 στη διαμάχη της ΕΠΟ και της ΕΠΣΑ με το ΠΟΚ πήρε το μέρος της ομοσπονδίας.
Στο Α΄ πρωτάθλημα ΕΠΣ Αθηνών, του 1924 αγωνίστηκε στην Α΄ κατηγορία. Νίκησε το Μίλωνα (1-0) αλλά αποκλείστηκε από τον Απόλλωνα (0-1). Τερμάτισε στην 3η θέση της τελικής κατάταξης.Τα επόμενα χρόνια η ποδοσφαιρική ομάδα αδυνάτισε, αφού ο σύλλογος δεν είχε γήπεδο και στεγαζόταν σε ένα γραφείο στο Παναθηναϊκό Στάδιο. Ως ποδοσφαιρική έδρα χρησιμοποιούσε το γυμναστήριο του Πανελληνίου και αργότερα το γήπεδο Λεωφόρου Αλεξάνδρας. Έτσι δεν σημείωσε κάποιες επιτυχίες, ούτε ανέβηκε κατηγορία. Το 1925 αναφέρεται μόλις ένα φιλικό με τον Αθηναϊκό (2-1). Σημαντικοί ποδοσφαιριστές του την εποχή αυτή και ως το 1930 ήταν οι: Γροσομανίδης, Νικολαΐδης, Δαπέρης και αδελφοί Αμπετιάν. Επίσης, συμμετείχαν οι: Πανάς, Πανταζίδης, Μανιατόπουλος, Κριτίας, Χαϊδεμένος, Βουδόπουλος, Ελευθερίου, Παπάζογλου, Οικονομίδης, Λεώνης, Ψαλτόπουλος και Αχαρονιάν.Τα επόμενα χρόνια αγωνιζόταν στη Β΄ κατηγορία, όπου είχε πολύ μέτριες επιδόσεις, κάποιες φορές δεν κατέβαινε στους αγώνες (π.χ. στον αγώνα με την "Ελληνορωσική" στις 16/5/1926) και υποβιβάστηκε στη Γ΄ κατηγορία γύρω στα 1932. Είναι χαρακτηριστικό πως δεν αναφέρεται ούτε μία νίκη της ομάδας, αγώνας της οποίας αναφέρεται για τελευταία φορά το 1932. Η έλλειψη γηπέδου αποθάρρυνε τους νέους ποδοσφαιριστές να έρθουν στο σύλλογο. Έτσι η ποδοσφαιρική ομάδα ουσιαστικά διαλύεται. Οι εναπομείναντες παίκτες εντάχθηκαν στην Πράσινη Θύελλα, που είχε ως έδρα το γήπεδο της Λεύκας κοντά στον Άγ. Παντελεήμονα Ιλισού.
Η Α΄ Εθνική κατηγορία (1959-79)
Η δεκαετία του ’60
Την περίοδο 1959-60 ο Πανιώνιος είναι η μία από τις τέσσερις αθηναϊκές ομάδες που συγκροτούν τις 16 της Α΄ Εθνικής κατηγορίας. Η δεκαετία του ’60 είναι από τις πιο πετυχημένες του συλλόγου. Με λιγοστές εξαιρέσεις τερματίζει σχεδόν πάντα στην πρώτη εξάδα του πρωταθλήματος και φθάνει δύο φορές στον τελικό του κυπέλλου.Το 1960-61 απέκλεισε τους: Ατλαντίδα Χανίων (2-0 εκτός), Ηρακλή Καβάλας (3-0 εντός), Παναθηναϊκό (2-1 εντός) και Ηρακλή (1-0 εκτός) αλλά έχασε στον τελικό από τον Ολυμπιακό (3-0). Την ομάδα συγκροτούσαν οι: Σώχος, Καψής, Παπουλίδης, Χρήστου, Μαυρίδης, Γ. Γιαννακόπουλος, Χάιτας, Σαραβάκος, Αθανασούλας, Ι. Γιαννακόπουλος, Χρονόπουλος, Μπραουδάκης.
Το 1966-67 απέκλεισε τους: ΟΦΗ (2-2, κλήρωση) και Πανελευσινιακό (3-0) αλλά έχασε στον τελικό από τον Παναθηναϊκό (1-0). Την ομάδα συγκροτούσαν οι: Κουρκουβέλας, Κώστας Καραγιαννόπουλος, Σκρέκης, Ηλίας Χατζηβασιλείου, Νέγρης, Καζαντζίδης, Κυριαζής,Θ. Ιντζόγλου, Χάιτας, Αχιλλέας Αθανασούλας, Γ. Δέδες, Γιάννης Κόλλιας.
Το 1968 πρώτος σκόρερ του πρωταθλήματος αναδεικνύεται ο Θ. Ιντζόγλου με 24 γκολ.
Το 1968-69 έφτασε ξανά μέχρι τα ημιτελικά του κυπέλλου.
Το 1969-70 συμμετείχε για πρώτη φορά σε ευρωπαϊκή διοργάνωση, στο Κύπελλο Διεθνών Εκθέσεων, όπου αποκλείστηκε από τη Χάνσα Ρόστοκ (0-3, 2-0).
Η δεκαετία του ’70
Η δεκαετία του ’70 ξεκινά με σημαντικές επιτυχίες και με προπονητή τον Άγγλο Τζο Μάλετ αποφέρει τον πρώτο σημαντικό ποδοσφαιρικό τίτλο στο σωματείο.Το 1970-71 τερματίζει στη 2η θέση στο πρωτάθλημα, πίσω από την ΑΕΚ αλλά μπροστά από τον φιναλίστ του Κυπ. Πρωταθλητριών Παναθηναϊκό. Είναι η καλύτερη θέση που έχει τερματίσει ως τώρα. Επίσης, πρώτος σκόρερ του πρωταθλήματος και τρίτος στην Ευρώπη (χάλκινο παπούτσι) αναδεικνύεται ο Γιώργος Δέδες με 28 γκολ.
ο φθινόπωρο του 1971 συμμετέχει και κατακτά το Βαλκανικό Κύπελλο. Στον προκριματικό όμιλο απέκλεισε την τουρκική Αλτάι Σμύρνης (1-2, 1-0) σε μια ιστορική επιστροφή, αφού αντιμετώπισε την τουρκική ομάδα στη γενέτειρα Σμύρνη και μάλιστα στο γήπεδό του!, το οποίο άφησε, όταν εγκατέλειψε τη Σμύρνη το 1922. Στη συνέχεια, αντιμετώπισε τη ρουμανική Στεαγκούλ (1-1, 1-1) και στον τελικό νίκησε την αλβανική Μπέσα Δυραχίου (2-0, 1-1). Στο Βαλκανικό Κύπελλο μετείχε και το 1975 αλλά στον προκριματικό όμιλο σημείωσε μία νίκη, μία ισοπαλία και δύο ήττες και αποκλείστηκε.
Το επόμενο έτος, 1971-72, είχε μια σημαντική επιτυχία στο Κύπ. ΟΥΕΦΑ. Στον α΄ γύρο απέκλεισε την ισπανική Αθλέτικο Μαδρίτης (1-2, 1-0), με γκολ των Κ. Λαγού, Θ. Ιντζόγλου. Αλλά η συνέχεια ήταν άδοξη, αφού συνετρίβη από την ουγγρική Φερεντσβάρος με 6-0, σε έναν επεισοδιακό αγώνα, στον οποίο αποβλήθηκαν πολλοί εκνευρισμένοι παίκτες του, με συνέπεια την τιμωρία και τον αποκλεισμό του σωματείου από τα ευρωπαϊκά κύπελλα. Το ίδιο έτος και το επόμενο φτάνει ως τα ημιτελικά του κυπέλλου, ενώ τις επόμενες τρεις χρονιές (1973-76) ως τα προημιτελικά.Τη σπουδαία ομάδα εκείνης της περιόδου συγκροτούσαν οι παίκτες: Φίλης, Σκρέκης, Τσιρογιάννης, Θεοφιλόπουλος, Βασίλης Μωραϊτέλης, Στάθης Χάιτας, Θανάσης Ιντζόγλου, Μπάμπης Ιντζόγλου, Γιώργος Δέδες, Θωμάς Μαύρος, Αλέκος Παπασίκας, Γιάννης Κυριαζής, Κώστας Λαγός και Γιώργος Σπυρόπουλος.Τις επιτυχίες ακολούθησε μια φθίνουσα πορεία. Πολλοί παίκτες του μεταγράφονται σε άλλα σωματεία και η ομάδα αποδυναμώνεται. Στο πρωτάθλημα τερματίζει μόνιμα κάτω από την 7η θέση, με χειρότερη τη 16η το 1977-78. Συχνά κινδυνεύει με υποβιβασμό. Η δεκαετία κλείνει με την κατάκτηση του κυπέλλου Ελλάδος του 1979, για πρώτη φορά στην ιστορία του συλλόγου. Αφού απέκλεισε τους: Ολυμπιακό Λουτρακίου (3-1), Εδεσσαϊκό (3-2), Αλμωπό Αριδαίας (1-0), Άρη (2-5, 5-1) και Ολυμπιακό (2-1, 2-3), στον τελικό νίκησε την ΑΕΚ με 3-1. Την κυπελλούχο ομάδα αποτελούσαν οι: Κάκαρης, Μάκης Ζαχαρόπουλος, Γραβάνης, Χαλκίδης, Εμβολιάδης, Χαράλαμπος Σαϊπάς (46΄ Μωραϊτέλης), Νόνι Λίμα, Δημήτρης Μαυρίκης, Νίκος Αναστόπουλος, Γιάννης Παθιακάκης, Κώστας Βαλλίδης. Προπονητής: Πάνος Μάρκοβιτς.
Το επόμενο έτος είχε μια επιτυχημένη συμμετοχή στο Κυπ. Κυπελλούχων. Απέκλεισε την ολλανδική Τβέντε (4-0, 1-3) και αποκλείστηκε δύσκολα από τη σουηδική ΙΦΚ Γκέτεμπορκ (1-0, 0-2).
Το επαγγελματικό πρωτάθλημα (1979 ως σήμερα)
Η δεκαετία του ’80
Τη δεκαετία του ’80 συνεχίστηκε η φθίνουσα πορεία και σχεδόν κάθε χρόνο η ομάδα κινδύνευε με υποβιβασμό. Μάλιστα, επί δυο συνεχόμενες χρονιές σώθηκε έπειτα από αγώνες μπαράζ: το 1983 με Μακεδονικό (3-2) και το 1984 με Γιάννινα (2-0 στην παράταση). Παρά τη μετριότητά της η ομάδα ανέδειξε ένα νέο αστέρι, τον επιθετικό Δημήτρη Σαραβάκο. Μετά τα μέσα της δεκαετίας, με πρόεδρο το Μιχάλη Σταματελάτο, ο Πανιώνιος είχε πάλι επιτυχίες υπό την καθοδήγηση του Βέλγου προπονητή Ούρμπεν Μπραμς, ο οποίος έμεινε στον πάγκο του Πανιωνίου για τρία χρόνια (1985-88) με απόλυτη επιτυχία (33 ν. - 27 ισ. - 30 ήτ.). Ο Μπραμς παραμένει ως σήμερα ο μακροβιότερος προπονητής του συλλόγου.
Το 1986 τερμάτισε στην 5η θέση και συμμετείχε με επιτυχία στο Βαλκανικό Κύπελλο φτάνοντας μέχρι τον τελικό.
Το 1987 τερμάτισε στην 4η θέση και συμμετείχε στο Κύπελλο ΟΥΕΦΑ, όπου αποκλείστηκε από τη γαλλική Τουλούζ (0-1, 1-5). Το έτος αυτό έκανε εκπληκτικές εμφανίσεις στο κύπελλο. Απέκλεισε κατά σειρά Χαραυγιακό (2-0), ΑΕΚ (1-0), ΠΑΟΚ (3-0, 0-1) και Ολυμπιακό (3-0, 0-1), για να αποκλειστεί από τον Παναθηναϊκό (1-3, 1-0) στα προημιτελικά. Τις περιόδους αυτές αστέρια της ομάδας ήταν οι: Αντώνης Μανίκας, Βαγγέλης Φιλιππής, Νίκος Τσιαντάκης, Γιώργος Καραμίχαλος, Γιάννης Παυλόπουλος (Έβανς), Στέλιος Αποσπόρης, Νταβόρ Γιούρισιτς (Γιουγκ.), Νίκος Χαλκίδης, Χρήστος Εμβολιάδης, Δημήτρης Μαυρίκης, Νόνι Λίμα, Ηλίας Μπέριος, Κουτρόπουλος, Θανάσης Καναράς, Παπουλίδης, Τεοντόρ Μπαρζόφ (Βούλγ.) και Γκάρι Όουεν (Άγγλος).
Το 1989 έφτασε στον τελικό του κυπέλλου. Αφού απέκλεισε τους Σπάρτη (4-0, 0-1), Άρη (3-0, 0-2), ΠΑΟΚ (0-2, 3-0) και Λάρισα (2-0, 0-0), έχασε στον τελικό από τον Παναθηναϊκό (1-3). Την ομάδα συγκροτούσαν οι: Θεολόγης Παπαδόπουλος, Μάκης Χατζημωυσιάδης, Γιάννης Παπουλίδης, Χρήστος Κουτρόπουλος, Γιώργος Τόγιας, Θανάσης Καναράς (51΄ Βασίλης Βασιλάκος), Πέτρος Μίχος, Στέλιος Αποσπόρης (70΄ Λουιτζίμ Μπερσεμί), Σπύρος Μαραγκός, Θόδωρος Ζάκκας, Θωμάς Μαύρος.
Η δεκαετία του ’90
Η δεκαετία του ’90 ξεκίνησε με τους καλύτερους οιωνούς. Το 1990 πρώτος σκόρερ του πρωταθλήματος αναδεικνύεται ο Θωμάς Μαύρος με 22 γκολ. Το 1991 η ομάδα φτάνει στα ημιτελικά του κυπέλλου και ο Θωμάς Μαύρος τερματίζει την καριέρα του έχοντας επιτύχει 260 γκολ, που είναι ρεκόρ όλων των εποχών στην Α΄ Εθνική. Την χρονιά αυτή στην ομάδα αγωνίζονται και οι: Λαγωνικάκης, Καπουράνης, Βόκολος, Κοπιτσής, Νίκος Μιρτσέκης, Λεάντρο, Τζανετής.Όμως, τις επόμενες χρονιές ο σύλλογος έκανε τις χειρότερες εμφανίσεις της ιστορίας του στο πρωτάθλημα, παρά την παρουσία ενός σπουδαίου Σέρβου παίκτη, του Μίλινκο Πάντιτς, με αποτέλεσμα να υποβιβαστεί δυο φορές στη Β΄ Εθνική: το 1992 και το 1996. Και τις δυο φορές προήχθη αμέσως.
Παρά την άσχημη παρουσία στο πρωτάθλημα, κατέκτησε ξανά το Κύπελλο Ελλάδος το 1998, αν και στους πρώτους γύρους δυσκολεύτηκε απέναντι σε μικρές ομάδες. Αφού απέκλεισε τους: Πανελευσινιακό (1-3, 3-0), Ορφέα Αλεξανδρούπολης (0-0, 1-0), Απόλλωνα Καλ. (4-2, 2-0), ΠΑΟΚ (1-0, 1-1), στον τελικό νίκησε τον Παναθηναϊκό με 1-0 με γκολ του Ναλιτζή (53΄). Την ομάδα αποτελούσαν οι: Φότο Στρακόσια, Δημήτρης Μπουγάς, Λεωνίδας Βόκολος, Βασίλης Ιωαννίδης, Τάσος Κατσιαμπής (78΄ Θεόφιλος Καρασαββίδης), Μίοντραγκ Μένταν (65΄ Κώστας Κάφαλης), Απόστολος Μάντζιος, Ναλιτζής (73΄ Ρόι Βάσμπεργκ), Γιάννης Καμίτσης, Αντώνης Σαπουντζής, Τάκης Φύσσας. Προπονητής: Χρήστος Εμβολιάδης.Το επόμενο έτος 1998-99 με προπονητή τον Ιρλανδό Ρόνι Γουίλαν είχε εντυπωσιακή πορεία στο Κύπ. Κυπελλούχων, φτάνοντας ως τα προημιτελικά. Επίσης, το 1999 ο Ναλιτζής ήταν πρώτος σκόρερ του πρωταθλήματος αν και στο β΄ γύρο μεταγράφηκε στον ΠΑΟΚ.Η δεκαετία του 2000
Στις αρχές της νέας δεκαετίας το σωματείο αντιμετώπισε οικονομικά προβλήματα. Το 2001 μπήκε σε ειδικό οικονομικό καθεστώς, όπως προβλεπόταν από το Νόμο περί Ειδικής Εκκαθάρισης. Αγωνιστικά, επιδεικνύει σημαντικές διακρίσεις. Σχεδόν κάθε χρόνο τερματίζει σε υψηλές θέσεις στο πρωτάθλημα και διεκδικεί την έξοδο στο κύπελλο ΟΥΕΦΑ, κάτι που κατάφερε τρεις σεζόν: 2002-03 (5ος), 2003-04 (6ος) και 2006-07 (5ος). Βασικοί παίκτες των επιτυχιών αυτών ήσαν οι: Ντρόμπνι, Γιαννόπουλος, Μάντζιος, Τζιόλης, Φερεκίδης, Σίμονσιτς, Ερόλ Μπουλούτ, Μπελά, Λαγωνικάκης, Μάριο Μπρέσκα, Βλτσέκ, Παρόντι, Νίκος Σπυρόπουλος, Μάκος, Εξουζίδης, Μανιάτης, Μαρσέλο Πλετς, Ενσαλίβα, Μπερτέ, Τσικιτισβίλι, Γουνδουλάκης, Νίκος Μήτρου, Ζωγραφάκης, Αραβίδης, Κένιγκ κ.ά. Προπονητές ο Γιόζεφ Μπουμπένκο, ο Κάρολ Πέτσε και ο Έβαλντ Λίνεν.
Το 2003-04 απέκλεισε τη δανέζικη Νόρτζελαντ (2-1, 1-1) και αποκλείστηκε από τη Μπαρτσελόνα (0-3, 0-2).
Το 2004-05 απέκλεισε την ιταλική Ουντινέζε (3-1, 0-1) και πέρασε στους ομίλους, όπου τερμάτισε 4ος με 3β.Το 2007-08 απέκλεισε τη γαλλική Σοσό Μονμπελιάρ (2-0, 0-1) και προκρίθηκε στους ομίλους, όπου τερμάτισε 4ος με 4β.Το καλοκαίρι του 2006, μετά από μία χρονιά απαξίωσης και προ του κινδύνου υποβιβασμού και διάλυσης, το πλειοψηφικό πακέτο περνά στα χέρια του εφοπλιστή Κωνσταντίνου Τσακίρη, ο οποίος ήταν ήδη Πρόεδρος του Ερασιτέχνη Πανιωνίου. Από αυτή την αγωνιστική περίοδο (2006-07) ως το Νοέμβριο του 2008 προπονητής ήταν ο παλιός Γερμανός διεθνής Έβαλντ Λίνεν, με τον οποίο ο Πανιώνιος συνέχισε την ανόδική του πορεία και τερμάτισε δύο συνεχόμενες χρονιές στην 5η θέση. Το 2008 συμμετείχε στην τελευταία διοργάνωση του Κυπέλλου Ιντερτότο, όπου αποκλείστηκε στον 3ο γύρο από την ιταλική Νάπολι. To Noέμβριο του 2008 ο Λίνεν απομακρύνθηκε.
Τα επόμενα χρόνια η ομάδα δεν κατάφερε να ξαναβρεί το δρόμο προς τις επιτυχίες. Η οικονομική δυσπραγία οδήγησε τη διοίκηση στην πώληση ή την παραχώρηση πολλών εξελίξιμων ή διεθνών παικτών καθώς και ποδοσφαιριστών με υψηλές αποδοχές. Δόθηκαν μεταξύ άλλων οι: Φερνάντες, Σπυρόπουλος, Μάκος, Τζιμπούρ, Κρέσιτς, Χούτος, Ρεκόμπα, Εστογιανόφ (δανεικός στην Πενιαρόλ), Τζαβέλας, Κοντοές. Επίσης, για τρεις συνεχόμενες περιόδους κανείς προπονητής δεν έμεινε ως το τέλος της σεζόν. Ως διάδοχος του Λίνεν προσλήφθηκε ο Τάκης Λεμονής, ο οποίος παραιτήθηκε έπειτα από τρεις βδομάδες. Στη θέση του προωθήθηκε ο επί δύο έτη βοηθός προπονητή της ομάδας Γιώτης Σταματόπουλος, ο οποίος παρέμεινε μέχρι το τέλος της αγωνιστικής περιόδου 2008-09. Από το Μάιο 2009 ως τον Ιανουάριο 2010 προπονητής του συλλόγου ήταν ο Βέλγος Εμίλιο Φερέρα που είχε υπογράψει τριετές συμβόλαιο αλλά παραιτήθηκε. Από το Φεβρουάριο 2010 ως το τέλος της σεζόν προπονητής ανέλαβε ο Γιώργος Παράσχος. Στις 26 Απριλίου προσλήφθηκε ο Σουηδός Μίκαελ Στόρε, ο οποίος απολύθηκε στις 28 Οκτωβρίου 2010. Το Νοέμβριο 2010 ανέλαβε ξανά ο Παράσχος αλλά παραιτήθηκε μια εβδομάδα αργότερα. Παράλληλα, υπήρχε διοικητικό χάος, έπειτα από την απόφαση του Τσακίρη να αποχωρήσει και να παραχωρήσει τον διοικητικό έλεγχο στον ερασιτέχνη. Από τις 10 Δεκεμβρίου 2010 προπονητής είναι ο Τάκης Λεμονής.
Τίτλοι-Διακρίσεις
Ο Πανιώνιος έχει κατακτήσει δύο φορές το Κύπελλο Ελλάδας. Η πρώτη ήταν το 1979, όταν κέρδισε την ΑΕΚ με 3-1 με τέρματα των Αναστόπουλου, Λίμα και Παθιακάκη και η δεύτερη το 1998, όταν κέρδισε τον Παναθηναϊκό με 1-0 με τέρμα του Ναλιτζή. Επίσης, έχει φθάσει άλλες τέσσερις φορές στον τελικό.
Η καλύτερη θέση που κατέλαβε στο πρωτάθλημα Α΄ Εθνικής ήταν η 2η την περίοδο 1970-71. Επίσης, τερμάτισε μία φορά 3ος (1960-61) και τέσσερις φορές 4ος (1963-64, 1965-66, 1968-69 και 1986-87).
Τέσσερις φορές παίκτες του Πανιωνίου έχουν αναδειχτεί πρώτοι σκόρερ στο πρωτάθλημα: 1967-68: Θανάσης Ιντζόγλου, 24 γκολ.
1970-71: Γιώργος Δέδες, 28 γκολ.
1989-90: Θωμάς Μαύρος, 22 γκολ.
1998-99: Δημήτρης Ναλιτζής, 21 γκολ (μετά το Δεκέμβριο στον ΠΑΟΚ).
Το 1971 κατέκτησε το Βαλκανικό Κύπελλο. Στα προκριματικά απέκλεισε την Αλτάι Σμύρνης με 1-2, 1-0 και τη Στεαγκούλ Ρουμανίας με 1-1, 2-0. Στον τελικό νίκησε την Μπέσα Δυρραχίου Αλβανίας με 2-1, 1-0. Έφτασε ξανά στον τελικό το 1986 αλλά έχασε από τη Σλάβια Σόφιας με 3-2, 0-3.
Έχει συμμετάσχει οκτώ φορές στα ευρωπαϊκά κύπελλα: δύο φορές στο Κύπ. Κυπελλούχων, πέντε στο Κύπελλο ΟΥΕΦΑ και μία στο Κύπελλο Διεθνών Εκθέσεων. Επίσης, μια φορά στο Κύπελλο Ράπαν και μία στο Κύπελλο Ιντερτότο. Την καλύτερη ευρωπαϊκή πορεία είχε την περίοδο 1998-99, όταν έφτασε στον προημιτελικό γύρο του Κυπ. Κυπελλούχων. Το 2004-05 και το 2007-08 έπαιξε στους ομίλους του Κυπ. ΟΥΕΦΑ.
Footballnet-gr
